Позже российскими властями было проведено расследование, во время которого выяснилось, что убитый ребенок стал нечаянными свидетелем того, как одна из молодых жен его отца обнимается с чужим мужчиной. Тот, боясь, что ребенок выдаст их, и совершил это убийство. Кавказский наместник генерал Ермолов направил Исмаил-хану письмо, в котором недвусмысленно дал понять, что не потерпит подобного произвола.
Однако это внушение не подействовало, так как 1826 г. местный владетель Хусейн-хан устроил в Варташене ужасный еврейский погром.
Вторая половина XIX в. характеризуется нарастанием количества кровавых наветов на Кавказе. Жизнь евреев Кавказа постепенно, по мере нагнетания антисемитских настроений в Российской империи, стала отягощаться грузом клеветы и преследований так же, как это происходило с евреями по всей России. На Кавказе, кроме «кровавых наветов», стали происходить погромы. Традиционную враждебность к евреям принесли с собой на Кавказ и русские поселенцы, которые тоже часто искали в евреях козлов отпущения при различных бедах.
В 1869 г. жители Кубы, мусульмане и армяне, обвинили еврейского лекаря Агаджана в том, что он использует кровь иноверцев для лечения. В пред-погромной обстановке евреев стали безжалостно избивать на улицах. Власти на это раз не предприняли никаких мер для того, чтобы умерить страсти. Это был далеко не единственный случай в Закавказье, когда мусульмане и христиане вместе участвовали в еврейских погромах.
В 1884 г. в Кубе произошел еще один инцидент. Маленькая девочка испугалась еврея и стала кричать, что он хочет ее убить. Тут же собралась огромная толпа, несчастного избили до полусмерти. Власти поверили девочке: полуживого человека арестовали и обвинили в намерении убить ребенка в ритуальных целях. Понадобились огромные усилия, многочисленные ходатайства и, разумеется, подкуп, чтобы спасти обвиняемого.
Через два года в 1886 г. в ауле Мюджи недалеко от Шемахи потерялся мусульманский мальчик. Тут же распространился слух, что его убили евреи. Три дня евреи в ожидании погрома не выходили из домов. На четвертый день ребенок нашелся.
Еще один навет имел место в Баку в июне 1898 г. Житель Баку по имени Хусейн Гули-оглы заявил приставу, что пропал его маленький брат Салам. Очень скоро другой человек привел пропавшего мальчика в участок. Он сказал, что увидел на улице еврея с мешком на спине, мешок ему показался подозрительным, он отобрал мешок и обнаружил в нем ребенка. Пристав поверил этому человеку, распорядился найти и арестовать того еврея, которым оказался некто Рафаэль Рагмилов. Слух о том, что еврей пытался похитить ребенка, мгновенно облетел весь город. Толпа в несколько сот разъяренных людей напала на еврейский квартал, избиваемые люди стали искать защиты в полицейском участке.
В это время в Баку приехали несколько евреев из Кубы. Толпа напала и на них — и только вмешательство полиции спасло их от линчевания. Расследование очень скоро выяснило, что вся эта история была инсценирована самим Хусейном Гули-Оглы, который хотел таким образом отомстить Par-ми лову, с которым из-за чего-то поссорился.
В 1911 г. кровавый навет имел место в ауле Тарки. В ауле распространился слух, что пропала девочка. Толпа направилась в синагогу, круша все на своем пути, избивая встречных евреев. Но не успели они дойти до синагоги, как девочка нашлась — живая и здоровая, и погром прекратился.
Кровавые наветы служили поводом для погромов во время гражданской войны.
После установления на Кавказе советской власти жестокие погромы прекратились, но напряженность в межнациональных отношениях так и не исчезла. Например, в Дербенте ссоры постоянно вспыхивали в очередях за водой. Нередко образовывалось несколько раздельных очередей — для мусульман, русских и евреев.
В 1926 г. имел место инцидент, вошедший в историю как «дело кубинских невест». Каждую еврейскую девушку из Красной (Еврейской) Слободы, которая выходила замуж, работники ЗАГСа г. Кубы в соответствии с законом Азербайджанской ССР, направленном против слишком ранних браков, принуждали проходить обследование у врача. Одна из невест убежала из кабинета врача, но ее привели обратно с милицией. Евреи пожаловались в горисполком — местные власти встали на сторону врача. Было объявлено, что евреи привыкли обманывать: они, дескать, приписывают девушкам года, и поэтому освидетельствование врача необходимо. Тогда евреи собрали деньги и отправили ходоков в Москву, с жалобой в Совет национальностей, под которой подписались представители 150 семей. Жалоба попала на рассмотрение Серго Орджоникидзе, первому секретарю Закавказского комитета партии.
В «Правде» была опубликована статья видного партийного публициста Ю. Ларина об этом безобразном деле. Осуждая местные власти в бездушии и бюрократизме, Ларин охарактеризовал их отношение к евреям как шовинизм и дискриминацию. В Азербайджане для проверки фактов, изложенных в статье Ларина, была создана особая комиссия во главе с председателем совнаркома Азербайджанской ССР Г. Мусабековым. Виновных предали суду. Суд проходил в одном из клубов Слободы, на нем выступали 20 свидетелей обвинения, все приведенные в жалобе факты подтвердились, и даже выяснилось, что врач требовал у каждой невесты взятку в 50 рублей для выдачи справки. Результатом «дела невест» стало то, что Красную (Еврейскую) Слободу выделили из административного подчинения г. Кубы и сделали отдельным районом со своим исполкомом и ЗАГСом.
Осенью 1926 г. в нескольких аулах Дагестана распространился слух, будто горские евреи убили мусульманского мальчика в ритуальных целях. Возбужденная толпа организовала несколько погромов в Махачкале, Дербенте и других населенных пунктах. Власти нашли объяснение этим диким явлениям в том, что «население в массе своей — мелкобуржуазное, и существуют противоречия интересов между ними и горскими евреями, занимающимися торговлей и ремеслом». Это «марксистское» объяснение явно игнорировало наличие многовековой ненависти к евреям.
Центральные власти СССР, которые в те годы боролись с проявлениями антисемитизма, после погромов направили в Дагестан инструктора Совета национальностей Зяму Островского. Местные власти приняли несколько постановлений в защиту евреев, но это не предотвратило повторение погромов.